Desarrollo de una herramienta para la predicción de estructuras terciarias de proteínas repetidas a partir de su estructura primaria

dc.contributor.advisorHirsh Martinez, Layla
dc.contributor.authorPalomino Chahua, Solange Estrella
dc.date.accessioned2023-02-06T19:03:41Z
dc.date.available2023-02-06T19:03:41Z
dc.date.created2021
dc.date.issued2023-02-06
dc.description.abstractLa predicción de estructuras de proteínas es uno de los retos más importantes de la biología y la bioinformática (Lopes et al., 2019). Esta última es el campo de investigación que se apoya en la computación para analizar la información relacionada a las macromoléculas biológicas como las proteínas (Xiong, 2006). Las proteínas son moléculas esenciales compuestas por varios cientos o miles de aminoácidos configurados de forma secuencial, lo cual se conoce como estructura primaria (Xiong, 2006). Esta organización se va plegando espontáneamente hasta resultar en una conformación tridimensional diferente una de otra denominada como estructura terciaria, la cual es fundamental para determinar la función de la proteína y realizarla de forma exitosa (Xiong, 2006). Hay muchas razones por las cuales la predicción de estructuras proteicas sigue siendo una problemática vigente. Una de ellas es que, actualmente, es mucho más complicado obtener estructuras tridimensionales que secuencias de proteínas, por lo cual existe una brecha cuantitativa entre ellas, que crece exponencialmente (Deng et al., 2018). Además, la determinación de las estructuras tridimensionales sigue siendo una tarea que requiere muchos recursos económicos, computacionales y algunos no renovables, como el tiempo (Lopes et al., 2019). En adición, se ha evidenciado una significativa ausencia de criterios de usabilidad en el desarrollo de muchas herramientas informáticas relacionadas a la predicción de las proteínas (Paixão-Cortes et al., 2018). Esto conlleva al gasto innecesario de tiempo y esfuerzo de los usuarios que deben interactuar con interfaces difíciles de entender (Bolchini et al., 2009). Esta situación se replica en proteínas específicas como las proteínas repetidas, las cuales son grupos de familias de proteínas que tienen propiedades particulares como la existencia de unidades de repetición en su estructura (Hirsh et al., 2016). Estas proteínas son importantes dado que se sabe que se relacionan con muchas enfermedades humanas en su proceso de diagnóstico y porque dan pie al desarrollo de nueva medicina (Burley et al., 2021; Kajava & Steven, 2006). No obstante, debido a su complejidad, aún se requieren esfuerzos para estudiarlas en temas como la predicción de sus estructuras (MSCA & RISE, 2018). Por todo ello, este proyecto de tesis busca proponer el desarrollo de una herramienta dedicada a la predicción de estructuras terciarias de proteínas repetidas a partir de sus estructuras primarias, la cual deberá cumplir con lineamientos de usabilidad. Se espera responder a la problemática planteando una plataforma web que sea amigable para el usuario, que permita obtener resultados en tiempos aceptables y que utilice un algoritmo de predicción que aplique inteligencia artificial y sea eficaz respecto a la evaluación de alineamientos estructurales. En primera instancia, se evaluarán distintos algoritmos de predicción de proteínas en general, para luego seleccionar uno y adaptarlo a los requerimientos de los especialistas en proteínas repetidas. Con ello, se crearán servicios y rutinas de ejecución que permitirán predecir estructuras terciarias de proteínas a partir de diversos tipos de datos de entrada. Posteriormente, se construirá la interfaz gráfica de la herramienta, partiendo de la definición de estándares y el desarrollo de un prototipo de alta fidelidad. Finalmente, se integrarán ambos componentes para conformar la herramienta completa, la cual será valorada a través de diversas pruebas funcionales y una evaluación de usabilidad. Cabe mencionar que esta última se realizará utilizando una herramienta enfocada a la evaluación de herramientas bioinformáticas.es_ES
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12404/24213
dc.language.isospaes_ES
dc.publisherPontificia Universidad Católica del Perúes_ES
dc.publisher.countryPEes_ES
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses_ES
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/pe/*
dc.subjectBioinformáticaes_ES
dc.subjectSitios Web--Usabilidades_ES
dc.subjectAlgoritmos computacionaleses_ES
dc.subject.ocdehttps://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.00es_ES
dc.titleDesarrollo de una herramienta para la predicción de estructuras terciarias de proteínas repetidas a partir de su estructura primariaes_ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesises_ES
renati.advisor.dni40329236
renati.advisor.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-8215-6716es_ES
renati.author.dni74883736
renati.discipline612286es_ES
renati.jurorAlatrista Salas, Hugoes_ES
renati.jurorHirsh Martinez, Laylaes_ES
renati.jurorOlivares Poggi, Cesar Augustoes_ES
renati.levelhttps://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesionales_ES
renati.typehttps://purl.org/pe-repo/renati/type#tesises_ES
thesis.degree.disciplineIngeniería Informáticaes_ES
thesis.degree.grantorPontificia Universidad Católica del Perú. Facultad de Ciencias e Ingenieríaes_ES
thesis.degree.levelTítulo Profesionales_ES
thesis.degree.nameIngeniero Informáticoes_ES

Files

Original bundle

Now showing 1 - 2 of 2
Thumbnail Image
Name:
PALOMINO_CHAHUA_SOLANGE_DESARROLLO_HERRAMIENTA_PREDICCION.pdf
Size:
4.5 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Texto completo
No Thumbnail Available
Name:
PALOMINO_CHAHUA_SOLANGE_ESTRELLA_T.pdf
Size:
40.08 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Reporte de originalidad

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description: