Facultad de Ciencias e Ingeniería

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search.filters.applied.f.advisor: search.filters.advisor.Casado Peña, Fanny LysSubject: search.filters.subject.https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.00

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    Uso de técnicas computacionales de acoplamiento y de dinámica molecular para proponer un tratamiento que aplique la reutilización de medicamentos a la coccidiosis en los pollos de engorde
    (Pontificia Universidad Católica del Perú, 2024-12-03) Galvez Shoobridge, Santiago; Casado Peña, Fanny Lys
    La coccidiosis en una enfermedad que perjudica la salud del pollo y la producción de su carne, aquella es causada por parásitos del género Eimeria. Para combatirla hay un interés de encontrar nuevos medicamentos. Una opción es la reutilización de medicamentos, esto es, usar un fármaco desarrollado para otro propósito. El objetivo de esta tesis es proponer drogas con posibles efectos terapéuticos. Para lograrlo se usó una técnica de cribado virtual: los medicamentos de una base de datos interactúan mediante técnicas computacionales con una proteína para inhibirla. En otras palabras, las estructuras en 3D de los medicamentos y de la proteína se descargaron de internet para ser usadas en el programa de acoplamiento molecular LeDock. Luego, sólo los medicamentos más prometedores y la proteína se procesaron en el programa de dinámica molecular GROMACS. Finalmente, se analizaron los datos obtenidos. Los resultados indican a dos medicamentos como posibles buenos candidatos para tratar la coccidiosis al inhibir la proteína Dihidroorotato deshidrogenasa de la E. tenella. La mejor opción tiene el “PubChem CID” de 89612265, mientras que la otra es el bisantreno, pero todavía falta analizar la viabilidad de ambos para un estudio in vivo. Además, debido al bajo poder computacional utilizado y al no usar un mejor programa de acoplamiento molecular, no se lograron encontrar otros candidatos. Sin embargo, se demostró que con bajos recursos computacionales también se pueden obtener resultados y se logró un buen estudio exploratorio que se puede ampliar para otras enfermedades o modificar para otros usos.
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    Diseño e implementación de un protocolo para la cuantificación absoluta de las proteínas: factor de crecimiento derivado de plaquetas, factor de crecimiento epidérmico y adiponectina en base a cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas
    (Pontificia Universidad Católica del Perú, 2020-07-29) Vigil Rodriguez, Hugo Alberto; Casado Peña, Fanny Lys
    Las heridas crónicas son lesiones que se caracterizan por no seguir el proceso usual de cicatrización y por su prevalencia en el tiempo, la cual causa que el costo del tratamiento para su curación se eleve y que el paciente experimente molestias debido a lo largo del proceso. Si bien existe una amplia oferta y desarrollo tecnológico de apósitos cutáneos, los apósitos actuales poseen algunas desventajas como dificultar los procesos naturales de cicatrización de heridas superficiales que solamente comprometen las primeras capas de piel, o por ser apósitos con una composición muy básica o general cuando se trata de heridas más específicas. A un nivel molecular existen proteínas que desarrollan una variedad de funciones necesarias para el proceso saludable de cicatrización de heridas. Si se analiza los niveles referenciales de estas proteínas en sangre, se podría tener una herramienta útil para crear apósitos personalizados que contengan estas según las necesidades de cada paciente. En este estudio, se ha diseñado e implementado un protocolo de análisis para cuantificar algunas de esas proteínas utilizando cromatografía líquida y espectrometría de masas como herramientas analíticas. Adicionalmente, se planea utilizar herramientas bio-informáticas para validar el método a ser desarrollado. El protocolo establecido a partir de esta investigación tiene el potencial de ser utilizado para el diagnóstico o preparación de terapias relacionadas a heridas crónicas con un impacto positivo en la rama de la medicina regenerativa.
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    Identificación y validación de biomarcadores ómicos involucrados en el pronóstico de recurrencia bioquímica de cáncer de próstata
    (Pontificia Universidad Católica del Perú, 2018-10-23) Espinoza Portocarrero, Miguel Arturo; Casado Peña, Fanny Lys
    El cáncer de próstata es la segunda neoplasia más común en la población masculina del mundo. El comportamiento clínico del cáncer de próstata localizado es muy variable; mientras que algunos casos tienen un tipo agresivo de cáncer que resulta en metástasis y muerte del paciente, otros tendrán un tipo indolente que se puede curar con terapias o monitorear cuidadosamente. Existen múltiples sistemas de estratificación de riesgo de mortalidad que usan parámetros clínicos, como los niveles de PSA y la Puntuación de Gleason. No obstante, estos criterios no pueden predecir adecuadamente el riesgo de recurrencia bioquímica. Los pacientes con cáncer de próstata no pueden ser dicotomizados con precisión en grupos de recurrencia bioquímica de bajo o alto riesgo mediante el uso de parámetros clínicos. Por este motivo se integró información genómica y clínica con el objetivo de identificar potenciales biomarcadores predictivos y generar firmas pronóstico que permitan una dicotomía más acertada de los pacientes. Se empleó una metodología de análisis estadístico predictivo de la recurrencia bioquímica utilizando genes relacionados con la regeneración de células madre de relevancia para la recurrencia bioquímica de cánceres, como la vía de señalización Wnt y la pluripotencia de células madre; y la contribución del parámetro clínico de la Puntuación de Gleason, de manera que se generó un firma pronóstico integrada. La firma integrada fue validada en cohortes independientes de pacientes disponibles en repositorios internacionales para ser dicotomizados en grupos de riesgo que puedan asociarse con un pronóstico bueno o malo. De esta manera, se tendrá un mejor pronóstico de los pacientes y la asignación adecuada de terapias para su tratamiento. Queda claro que el desarrollo y validación de nuevos biomarcadores para evaluar el pronóstico de recurrencia en cáncer de próstata contribuiría a mejorar la salud en la mayoría de los países independientemente de sus características sociales, económicas, culturales y epidemiológicas.